En el siglo XVIII, Lorenzo Boturini reunió una importante colección de documentos antiguos, algunos de los cuales habían pertenecido antes a Fernando de Alva Ixtlixóchitl o a Carlos de Sigüenza y Góngora. Posteriormente, parte de esta colección se trasladó al Museo Nacional de Arqueología, Historia y Etnografía. 

Desde mediados del siglo XIX la colección se fue incrementando; hoy en día, el acervo de la BNAH tiene 100 códices originales y cerca de 90 copias. En el mundo existen menos de 20 códices prehispánicos, y el Instituto Nacional de Antropología e Historia tiene el orgullo de poseer en su Biblioteca Nacional, el único que se conserva en México: el Códice Colombino. 

Dentro del grupo de códices originales existe una gran variedad de formatos, materiales de soporte y técnicas pictóricas. Hay códices elaborados sobre papel amate , papel europeo, piel tipo gamuza, tela de algodón, etc. En esta colección hay ejemplares provenientes de diversas regiones de Mesoamérica la mayoría de ellos producidos durante la época del contacto, es decir el siglo XVI. 

Los temas tratados en estos documentos son también variados, hay códices calendáricos, genealógicos, jurídicos, cartográficos, y muchos otros tipos. Algunos de ellos han sido estudiados desde el siglo XIX por diversos investigadores, pero también hay manuscritos que han sido poco trabajados o que aun guardan secretos que los investigadores no han podido descifrar. Sólo por mencionar algunos de los ejemplares de tan extraordinaria colección, citaremos el Códice Badiano o de Martín de la Cruz, escrito en 1552, hermoso tratado de botánica con bellas ilustraciones, que describe los usos que los mexicas daban a las plantas locales.

El Códice Porfirio Díaz, elaborado en Oaxaca durante el siglo XVI o XVII, presenta inscripciones en un idioma desconocido, con letras grandes, a color, al parecer repasadas usando tres pigmentos distintos. Así también, no podemos dejar de mencionar al Códice Boturini o Tira de la Peregrinación. Sin duda el acervo de códices de la BNAH es uno de los más ricos del mundo, y contiene valiosas herramientas para reconstruir la historia indígena desde tiempos prehispánicos hasta el siglo XVIII. En 1997 esta colección fue inscrita por la UNESCO en el Registro de la Memoria del Mundo. Esto representa un honor para el país, y en especial para la Biblioteca Nacional de Antropología e Historia, pero también implica el compromiso de preservar correctamente estos documentos. 

Los códices están resguardados en una bóveda, dentro de la cual la temperatura y la humedad se mantienen en el rango más adecuado para su conservación. 

Cada documento está colocado dentro de una caja o guarda hecha a la medida utilizando materiales estables y libres de ácido. Para asegurar la protección de estos valiosos ejemplares, su manipulación y exposición a la luz son muy restringidas. Existen fotografías e imágenes digitales de todos los códices disponibles para su consulta y estudio. 

El acceso a los documentos originales sólo se permite a investigadores y estudiantes de posgrado que hayan realizado previamente los trámites estipulados. A continuación presentamos una lista de los principales códices a los que se puede tener acceso por medio de la consulta de esta colección: